Dans le bourg de Baugy coule une belle rivière, la Bondonne, qui traverse la route départementale 10 au lieu-dit « le Gué ». Elle vient d’assez loin, de la région de Crux, à une altitude de 200 mètres, puis passe à Baugy à une altitude de 170 mètres pour rejoindre l’Yèvre.
L’Yèvre prend sa source à Gron, contrairement à ce qui est prétendu dans certains livres. L’Yèvre traverse la commune de Baugy dans sa partie la plus à l’ouest, pour arriver à Farges-en-Septaine.
Outre l’Yèvre et la Bondonne, la commune possède deux autres ruisseaux : le Tripoux et le Tercout.
Sur le territoire de Baugy, il y avait plusieurs étangs au XVIème siècle :
- l’étang de Pouligny, qui était le plus grand, a été crée entre 1190 et 1225.
- l’étang Neuf à Montifault, qui s’étend de la route actuelle de Sancerre, à celle de Couy et aux bâtiments du domaine. Nous ne connaissons pas la date de création, mais nous retrouvons son existence en 1504.
- l’étang de Pignoux faisait partie du fief d’Epinéol. Son emplacement est encore très visible derrière les bâtiments du domaine.
- l’étang de Beauregard en partie reconstitué. Il donnait dans l’étang de Quincampoix, de l’autre côté de la route, qui allait jusqu’à Cueilly.
- l’étang d’Alléans, plus tard appelé » étang des Retraits », ne faisait pas partie de la seigneurie de Baugy, mais il est mentionné en 1504.
A la révolution, la commune décide de procéder à des assèchements de terre, afin d’accroître la surface des parcelles cultivables. Il est décidé que Baugy ne pourra conserver que l’étang de Montifault, appelé « l’étang Neuf », afin de faire tourner les deux derniers moulins du secteur.
Les autres étangs , Pouligny, Quincampois, Beauregard, et Retaits sont asséchés.
Pouligny sera ré-alimenté pendant une période assez courte, puis définitivement asséché en 1825.