Dans le bourg de Baugy coule une belle rivière, la Bondonne, qui traverse la route départementale 10 au lieu-dit « le Gué ». Elle vient d’assez loin, de la région de Crux,  à une altitude de 200 mètres, puis passe à Baugy à une altitude de 170 mètres pour rejoindre l’Yèvre.

L’Yèvre  prend sa source à Gron, contrairement à ce qui est prétendu dans certains livres. Après la commune de Baugy, que l’Yèvre traverse dans sa partie la plus à l’ouest, l’Yèvre arrive à Farges-en-Septaine.

Outre  l’Yèvre et la Bondonne, la commune possède deux autres ruisseaux : le Tripaux et le Tercout.

Sur le territoire de Baugy, il y avait plusieurs étangs au XVIème siècle :

  • L’étang de Pouligny, qui était le plus grand, a été crée entre 1190 et 1225.
  • L’étang Neuf à Montifault,  s’étend de la route actuelle de Sancerre, puis celle de Couy et les bâtiments du domaine. Nous ne connaissons pas la date de création mais nous retrouvons son existence  en 1504.
  • L’étang de Pignoux faisait partie du fief d’Epinéol. Son emplacement est encore très visible derrière les bâtiments du domaine.
  • L’étang de Beauregard a été reconstitué  en partie. Il donnait dans l’étang de Quincampoix, de l’autre côté de la route, qui allait jusqu’à Cueilly.
  • L’étang d’Alléans, plus tard appelé  » étang des Retraits », ne faisait pas partie de la seigneurie de Baugy, mais il est mentionné en 1504.

A la révolution, la commune décide de procéder à des assèchements de terre, afin d’accroître la surface des parcelles cultivables. Il est décidé que Baugy ne pourra conserver que l’étang de Montifault, appelé « l’étang Neuf », afin de faire tourner les deux derniers moulins du secteur.

Les autres étangs , Pouligny, Quincampois, Beauregard, et Retaits sont asséchés.

Pouligny sera ré-alimenté pendant une période assez courte, puis définitivement asséché en 1825.